Die „Diversity Workbench“
Erläuterungen zu „Diversity Collection“

(Version beta 0.5)

Willkommen in der „Diversity Workbench“, einer Sammlung von Werkzeugen zur Arbeit mit Biodiversitätsdaten. Im Endzustand soll diese „Werkbank“ aus mehreren Modulen bestehen, welche wissenschaftliche Literatur, biologische Sammlungen, die Nomenklatur und Taxonomie, sowie morphologische und andere beschreibenden Daten zur Identifikation und phylogenetischen Analyse umfassen. Damit soll ein umfassendes Informationsmanagement möglich werden. Hier wird zunächst eine Vorversion von „Diversity Collection“, dem Herbarverwaltungsmodul, erklärt. Noch ein wichtiger Hinweis: Wir werden uns bemühen dieses Programm im Laufe der Zeit immer besser werden zu lassen. Wir haben aber weder die Zeit noch das Geld ein Programm und eine Dokumentation oder Hilfesystem zu schreiben, das so vollständig und stabil ist wie kommerzielle Software es sein sollte. Hinweise auf Fehler und gewünschte zusätzliche Funktionen nehmen wir gerne entgegen, können aber nicht versprechen alles immer zu berücksichtigen. Dieses Programm wird kostenlos inklusive des Quellcodes abgegeben, und jeder der dazu in der Lage ist, ist eingeladen selbst an der Verbesserung mitzuarbeiten!

Gedanken zur Konzeption der „Diversity Collection“

Ein Teil der Nutzer von „Diversity Collection“ haben möglicherweise schon mit Herbarverwaltungsprogrammen (z. B. Systax etc.) gearbeitet. Bei der ersten Benutzung wird auffallen, daß es weniger Felder zum Eintragen von Daten oder z. B. Suchbegriffen gibt als in anderen Programmen. Diversity Collection wurde nicht als Herbarverwaltungsprogramm konzipiert sondern ist in erster Linie für die Erfassung der Daten von Herbaretiketten, der geographischen und taxonomischen Informationen sowie ergänzender Abbildungen gedacht. Daher werden Funktionen wie etwa die Ausleihe nicht explizit unterstützt.

Die dem Programm zugrunde liegende Idee besteht darin, daß mehrere Mitarbeiter (z. B. eines Projektes), an unterschiedlichen Orten Daten in eine Datenbank eintragen und somit ein gemeinsamer Datenpool entsteht.

Inhaltsübersicht

Die „Diversity Workbench“ Erläuterungen zu „Diversity Collection“

(Version beta 0.5)1

Gedanken zur Konzeption der „Diversity Collection“. 1

Inhaltsübersicht1

Programmstruktur2

Kurzanleitung. 3

Programmstart3

Import von Labeldaten (LabelScan)4

Bearbeitung von Labeldaten. 5

[collector, time and location]5

[geographic data]6

[identification]6

[storage and loan]7

[notes and problems]7

Das Formular [FungusPlant] – EIN Pilz auf EINER Pflanze. 7

Datum.. 8

Sammelnummer8

Geographie. 8

Sammler9

Herbar9

Pilz. 9

Pflanze. 9

Herbarablage. 9

Notizen. 9

Default-Werte. 9

Labeldruck. 10

Beenden. 10

Allgemeine Erläuterungen. 10

Tabellen. 10

Graphische Übersicht der Abhängigkeiten der Tabellen.11

 

Programmstruktur

Alle Programme der Workbench erfordern zur Zeit, daß Microsoft Access 2000 bereits auf dem Computer installiert ist. Die Dateien DiversityCollection.mdb, DiversityCollectionData.mdb, DiversityCollectionStart.jpg, DiversityExsiccata.mdb, DiversityUsers.mdb, DLib01.mdb, DiversityGazetteer.mdb sollten sich alle im gleichen Verzeichnis befinden.

Kurzanleitung

Diese Kurzanleitung ist so konzipiert, daß auch Nutzer mit geringen Computer- bzw. Softwarevorkenntnissen das Programm bedienen können.

Programmstart

Das Programm funktioniert nicht mit den älteren Versionen Access 97, 95, oder 2.0. Zum Starten kann man entweder Microsoft Access starten und die Datenbank „DiversityCollection.mdb“ auswählen, oder man kann im Windows Explorer direkt einen Doppelklick auf diese Datei machen. Es öffnet sich das Startfenster mit der Benutzeranmeldung. Hier kann aus den in der Datenbank DiverityUser.mdb eingegebenen Benutzern ein Namen ausgewählt werden. Unter [Operator Name] wählt man den Namen desjenigen, der im Augenblick an mit der Datenbank arbeitet. Falls ein Passwort vergeben wurde, so muß dieses unterer [Password] eingetragen werden. Für Hilfskräfte kann noch der Namen des Betreuers bzw.  des für die Arbeit verantwortlichen Wissenschaftlers unter [Responsible User Name] eingetragen werden. Nach Bestätigung [OK] erscheint dann das Startfester mit dem Hauptmenü.

Durch klicken auf  erhält man Informationen über die vorliegende Version und das Copyright.

 öffnet das Menü für die Bearbeitung der Daten gescannter Label. Im jetzt geöffneten Menü öffnet der Button oben  das Fenster für die Bearbeitung der Daten zusammen mit den gescannten Label und Abbildungen der Herbarbelege. Mit den beiden Auswahlfeldern unten läßt sich die Auswahl der angezeigten Datensätze einschränken. Im Feld [selected specimen] kann beispielsweise festgelegt werden, daß nur Label angezeigt werden, bei denen die Bearbeitung der Labeldaten noch nicht abgeschlossen ist. Das untere Auswahlfeld [project] begrenzt die angezeigten Datensätze auf ein bestimmtes Projekt.

 öffnet das Menü für die Eingabe und Bearbeitung der Daten ohne Abbildungen. Hier funktioniert alles analog zum oben bereits erläuterten Menü. Zusätzlich wählt man hier noch das Formular an mit dem die Daten bearbeitet bzw. neue Daten eingegeben werden sollen. Das Formular [FungusPlant] beispielsweise beschränkt die Sicht auf einen Pilz auf einer Pflanze mit jeweils einer Bestimmung. Um die volle Komplexität der Datenbank zu nutzen muß man das unter [Labels, Images] geöffnete Formular verwenden.

 öffnet das Administrationsmenü. Hier findet sich im Augenblick nur die Schaltfläche für Öffnung des Fensters zur Bearbeitung der innerhalb der Datenbank verwendeten Parameter und Auswahllisten.  öffnet das Fenster für die Bearbeitung. Unter Parameter wählt man den zu editierenden Parameter an. Im Bereich darunter erscheinen dann links die Namen der Parameter und rechts die Beschreibungen.

Import von Labeldaten (LabelScan)

Mit dem Programm LabelScan werden die Etiketten der Herbarbelege gescannt und parallel eine Datei mit den Daten dieser Etiketten erzeugt. Die so erzeugten Daten können in das Herbarprogramm importiert werden. Nach klicken auf die Schaltfläche  öffnet sich das Formular für den Import. Unter  öffnet sich das Eingabemenü für folgende Importparameter:

responsible for import

die für die importierten Daten verantwortliche Person

barcode beginning with

der Anfang des Barcodes

barcode length

die Länge des Barcodes

material

die Art der Herbarbelege (Herbarbögen, Zeichnungen, Objektträger etc.)

group

die taxonomische Großgruppe (Pflanzen, Pilze etc.)

collection

der Name der Sammlung

logfile

Pfad und Name der zu importierenden Datei

label folder

Ordner in dem die Abbildungen der Label abgelegt werden.

(der gesamte Pfad für den Zugriff auf die Abbildungen der Label wird aus dem [label folder] und aus dem unter [LabelScanPath] gespeicherten Pfad bzw. Dateinamen gebildet)

Durch klicken auf  werden die Daten dann mit den voreingestellten Werten in die Datenbank importiert. Der Ausdruck von Etiketten der hierfür unter den Formularen für die Bearbeitung der Daten festgelegten Label kann mit der Schaltfläche  gestartet werden. Das Format der so gedruckten Etiketten kann unter  geändert werden. Durch klicken auf die Schaltfläche  kommt man zurück zum Hauptmenü.

Bearbeitung von Labeldaten

In diesem Formular sind für die ausgewählten Belege die gesamten in der Datenbank zu den Belegen gespeicherten Daten zugänglich. Das Formular ist in 3 Bereiche gegliedert.

Oben sind links die Sammlung, in der Mitte die Nummer mit dem Namen des Herbarbelegs und rechts Schaltflächen für den Wechsel zwischen Label und Abbildungen, den Zoomfaktor und das verlassen des Formulars untergebracht.

Im mittleren Teil ist entweder das Label oder die Abbildungen zu sehen. Der Wechsel zwischen Label und Abbildungen erfolgt durch Klicken auf die Schaltfläche  bzw. . Der Zoomfaktor kann mit  eingestellt werden. Während für jeden Beleg  nur ein Label vorhanden ist, kann es beliebig viele Abbildungen geben durch die man mit  blättern kann. Zu den Abbildungen können im oberen Bereich Angaben gemacht werden zum [Projekt], zur [Collection Unit] d.h. ob ein bestimmter Organismus des Belegs abgebildet ist, zu [Responsible] d.h. wer für die Abbildung verantwortlich ist sowie allgemeine Notizen in [Notes]. Die Auswahl der Abbildung erfolgt durch klicken auf die Schaltfläche  oder durch direkten Eintrag von Pfad und Dateiname unter [Path].

Im unteren Bereich finden sich auf 5 Tabulator Seiten aufgeteilt die Daten.

[collector, time and location]

Im Feld [labeltitle] kann für den Ausdruck ein zusätzlicher Titel eingetragen werden. Unter [collecting persons or groups / coll. number] werden die Sammler eingetragen.  Dabei kann jedem Sammler eine Sammelnummer zugeordnet werden. Soll eine Sammelnummer nur dem Beleg, nicht aber einem bestimmten Sammler zugeordnet werden, so beläßt man den Defaultwert für den Sammler auf „unknown“ und trägt nur die Sammelnummer ein. Mit [print label] wird festgelegt, ob für diesen Beleg ein Etikett gedruckt werden soll. Unter [date] wird das Sammlungsdatum mit Tag, Monat und Jahr sowie eventuellen Ergänzungen eingetragen. Im Feld [locality / habitat] werden die auf dem Label gemachten Angaben zu Geographie und Habitat des Fundorts eingetragen. [original notes] Hier werden die vom Sammler gemachten Notizen vermerkt. Im Feld [exsiccate] kann bestimmt werden, ob der vorliegende Beleg ein Exsiccat ist. Die folgenden Felder sind für Anmerkungen zum Label bzw. dem Fortschritt des Übertrags in die Datenbank gedacht. In [labeltype] erfolgt die Angabe des Typs wie z.B. handschriftlich oder gedruckt, in [transcription] wird der Fortschritt des Übertrags in die Datenbank festgehalten und [labelnotes] steht für Notizen zur Verfügung.

[geographic data]

Das Feld [locality] entspricht dem Feld [locality / habitat] aus [collector, time and location]. Im Bereich darunter können Angaben zu Geographie und Habitat gemacht werden wobei für jedes System je ein Eintrag möglich ist. Für einige Localisationssysteme ist keine manuelle Eingabe bzw. Bearbeitung möglich. So erscheint beispielsweise bei Anwahl von TOP50 [LocalisationSystem] links ein Button  . Für die Verwendung dieser Funktion muß das Programm TOP50 der deutschen Landesvermessung installiert sein. Nach klicken auf diesen Button öffnet sich eine Dialogbox und man hat die Möglichkeit entweder unter [location] einen bereits eingetragenen Ort auszuwählen und mit klicken auf OK zu bestätigen oder das Programm TOP50 zu starten. Nach klicken auf  öffnet sich dieses Programm. Man wählt dort ein Kartenwerk, den Maßstab. Unter [Ortsdaten] [Ortsdaten hinzufügen ...] kann man dann den Sammlungsort markieren und gibt im sich öffnenden Dialog den Namen des Orts ein. Nach Schließen des Programms werden der Ortsname und die Koordinaten dann in die Datenbank übernommen. Änderungen an den Einträgen können nicht direkt erfolgen sondern durch klicken auf  . Dies trifft beispielsweise auch für Einträge in Named Areas zu.

[identification]

Hier erfolgen die Angaben zur Taxonomie. Es können beliebig viele Organismen eingetragen werden und für jeden Organismus sind dabei beliebig viele Bestimmungen möglich. Zunächst wird im Bereich  die Großgruppe des Organismus ausgewählt. Für Böden, anorganische Substrate wählt man [other] als Gruppe. Nach Auswahl einer Gruppe ändert sich der Bereich entsprechend der Gruppe (z.B.:  ). Der taxonomische Namen wird unter [Taxonomic name], eventuelle andere Bezeichnungen unter [Vernacular name] eingetragen. Das Datum der Bestimmung steht in [Date] und in [Cat. of Date] ob es sich um das exakte Datum oder eine Schätzung etc. handelt. In [Category] wird die Art der Bestimmung vermerkt. Ist das Feld [only obs.] angewählt, dann wurde der entsprechende Organismus nur während der Aufsammlung beobachtet, liegt aber nicht im Herbarbeleg vor. Unter [Literature used] gibt man die verwendete Bestimmungsliteratur an. Welche der Bestimmungen gültig ist wird unter [Valid] vermerkt. [Responsible] enthält den Namen der Person die für die Bestimmung verantwortlich ist. [Exsiccatum] wird angewählt, falls der Beleg unter diesem Namen in einem Exsiccat publiziert wurde. Im Feld [Notes] kann man allgemeine Angaben zur Bestimmung machen. Unter [Colonized part] trägt man im Falle einer Symbiose etc. ein welcher Teil eines Organismus besiedelt wird, z.B. root bei Wurzelparasiten. Im Feld [growing / living on] wird der Organismus etc. innerhalb des Belegs angewählt, auf dem der angezeigte Organismus wächst. Dabei werden die als gültig festgelegten Namen zur Auswahl angezeigt. Unter [Live cycle] macht man Angaben zum Lebenszyklus wie beispielsweise Sporenstadien oder Larven. Das Feld [Notes] steht für allgemeine des Organismus betreffende Angaben zu Verfügung. 

Angaben zu Exsiccaten und Typusmaterial erfolgen im Bereich rechts oben unter [Exsiccata title and number] und [typified taxon and state].

[storage and loan]

In diesem Bereich sind unter anderem Angaben zum Verleih untergebracht. [Collection name] enthält den Namen der Sammlung und [Accession date] das Datum des Zugangs des Belegs zu dieser Sammlung. Im Feld [Label scan path] findet sich der Dateiname des Labelscans. Unter [Storage location] trägt man den Namen ein unter dem der Beleg in der Sammlung gelagert wird und [material category] beschreibt die Art des Materials z.B. Dias, Herbarbogen etc. Falls der Beleg aus einer anderen Sammlung übernommen wurde, so können Angaben hierzu unter [Depositor] und [Number] gemacht werden. Die Felder [Labeltype], [Transcription] und [Labelnotes] beziehen sich auf den Übertrag des Labels in die Datenbank. Im Feld [Borrow and loan] können Angaben zum Verleih des Belegs gemacht werden. Unter [Project] kann der Beleg verschiedenen Projekten innerhalb der Diversity Datenbanken zugeordnet werden. Im Bereich [Collection duplicates] macht man Angaben zu eventuellen Duplikaten des Belegs in anderen Sammlungen: [Accession number] = Sammlungsnummer, [Collection name] = Name der Sammlung, [Notes] = Notizen.

[notes and problems]

In den Feldern [original notes] und [additional notes] finden sich vom Originallabel übernommene bzw. zusätzliche Notizen. Das Feld [problems] ist für allgemein Probleme gedacht.

 

Das Formular [FungusPlant] – EIN Pilz auf EINER Pflanze

Dieses Formular ist für den Eintrag und die Bearbeitung von Herbarbelegen mit einem Pilz auf einer Pflanze und jeweils einer Bestimmung gedacht. Die Komplexität ist im Vergleich zum vorhergehenden Formular entsprechend reduziert.

Datum

Als erstes MUSS für einen neu eingetragenen Datensatz ein GÜLTIGES DATUM im Feld [date:] eingetragen werden. Das folgende Feld [supplement] ist für Ergänzungen des Datums vorgesehen, z.B. ein zweiter Sammeltag oder ein Zeitraum.

Sammelnummer

Hier wird die Sammelnummer eingetragen.

Geographie

Im Feld darunter [locality/habitat:] werden Angaben zur Geographie und zum Habitat eingetragen. Im Bereich darunter hat man die Möglichkeit mehrere Ortsbestimmungen einzutragen. Hierzu wählt man im Feld [LocalisationSystem] ein bestimmtes System aus und trägt dann die Werte in das Feld [Location] ein. Die Genauigkeit der Bestimmung kann im Feld [Precision] angegeben werden. Durch klicken auf den Pfeil  kann man die Werte aus [Location] und [Precision] in das Feld [locality/habitat] kopieren. Im Labeldruck wird später nur das Feld [locality/habitat] ausgegeben. Im Augenblick ist als Geographisches System nur der Getty Thesaurus of Geographic Names fertig zur Verwendung. Nach Anwahl von „Named area (Thesaurus of Geographical Names, Getty)“ im Feld [LocalisationSystem] öffnet sich ein Fenster.

 

Im Feld [Continent] wählt man die geographische Großregion aus. Anschließend trägt man die ersten 2 – 4 Buchstaben des gesuchten Ortes in das Feld [Place name] ein und erhält dann nach klicken auf  eine Liste der im Thesaurus gefundenen Namen. Nach Auswahl eines Namens wird dieser sowie die zugehörige Kennummer in die Datenbank übernommen. Änderungen des Eintrags sind nicht direkt möglich. Hierzu klickt man auf . Mit Hilfe der Schaltflächen  kann man durch die für diesen Beleg eingegebenen Angaben zur Geographie blättern.

Sammler  

Im hier abgebildeten Bereich   werden die Sammler eingetragen.  Dabei kann jedem Sammler eine Sammelnummer zugeordnet werden. Soll eine Sammelnummer nur dem Beleg, nicht aber einem bestimmten Sammler zugeordnet werden, so beläßt man den Defaultwert für den Sammler auf „unknown“ und trägt nur die Sammelnummer ein.

Herbar

Im Feld [Collection] wird die Sammlung eingetragen in der sich der Beleg befindet.

Pilz

Im Feld [fungus] wird der taxonomische Namen (incl. Autoren) eingetragen. Die folgenden Felder werden automatisch aus den Default-Einstellungen übernommen, können jedoch geändert werden. [identified by] enthält den Bestimmer, [literature used] die verwendete Literatur und [date] das Datum der Bestimmung. Im Feld [live cycle] wird der Lebenszyklus des Pilzes eingetragen (z.B. Sporengenerationen bei Brandpilzen) und im Feld [type status] wählt man, falls es sich um Typusmaterial handelt, die Art des Typus aus.

Pflanze

Alle Felder werden analog zu den oben für den Pilz beschriebenen Feldern gefüllt. Abweichend wird in das Feld [colon. part] der vom Pilz besiedelte Teil der Pflanze eingetragen (z.B. Blatt, Stengel)

Herbarablage

Im diesem Bereich  wird der Name eingetragen, unter dem der Beleg im Herbar abgelegt ist sowie das Material des Belegs.

Notizen

Im Feld [notes] können allgemeine Bemerkungen eingetragen werden.

Default-Werte

Die im Bereich [DEFAULT VALUES] eingetragenen Werte werden automatisch in die entsprechenden Felder eines neuen Belegs übernommen.

Labeldruck

Durch Anwahl des Feldes [select label for print] wird der Beleg für den Ausdruck von Herbaretiketten vorgemerkt. Ein klicken auf die Schaltfläche  startet den Ausdruck der Etiketten.

Beenden

Durch klicken auf die Schaltfläche  kommt man zurück zum Hauptmenü.

 

Allgemeine Erläuterungen

Tabellen

Eine kurze Erläuterung der in der Datenbank verwendeten Tabellen

Eine ausführliche Beschreibung sowie der Datentypen und sonstiger Angaben findet sich in dem mit der Datenbank ausgelieferten Informationsmodell.

CollectionSpecimen: Dies ist die Haupttabelle in der die direkt den Herbarbeleg betreffenden Daten wie z.B. die Abschrift des Labels gespeichert werden

CollectingPerson: Die Sammler liegen in einer eigenen Tabelle. Dadurch ist es möglich mehrere Sammler für einen Beleg anzugeben.

CollectionDuplicate: In dieser Tabellen werden eventuelle Duplikate des Belegs in anderen Herbarien gespeichert

CollectionGeography: Hier werden die geographischen Daten gespeichert – für jeden Beleg können mehrere Bestimmungen zur Geographie eingetragen werden

CollectionImage: Hier werden zusätzliche Abbildungen und deren wichtigste Daten gespeichert

CollectionLookup: Eine Tabelle für die in der Datenbank verwendeten Auswahllisten und Parameter

CollectionMaterial: Das Material der Herbarbelege z.B. Objektträger, Kulturen, Herbarbögen

LocalisationSystemType: Der Typ des Lokalisationssystems z.B. Koordinaten, Named Area etc.

DiversityProject: Die Zuordnung des Beleg zu den verschiedenen Projekten

Identification: Die Bestimmungsdaten der auf dem Beleg gefundenen Organismen

IdentificationUnit: Die Daten der auf dem Beleg gefundenen Organismen

LocalisationSystem: Das für die Geographie verwendete Lokalisationssystem

Graphische Übersicht der Abhängigkeiten der Tabellen.

 


Bitte bei Rückfragen an Markus Weiss wenden.